A nivel organizativo, Scouts de Extremadura tiene los siguientes órganos democráticos:

  • Asamblea Scout: formada por delegados de los diferentes Grupos Scouts,  en ella se toman decisiones referentes a presupuestos, líneas de actuación, programas a desarrollar. Se reúnen dos veces al año.
  • Conferencia Scout: formada por delegados de los diferentes Grupos Scouts. Se celebra, como máximo, cada seis años y es un órgano de reflexión, estudio y evaluación de las políticas comunes a toda la Federación.
  • Consejo Scout: constituido por las personas coordinadoras o representantes de los diferentes Grupos Scouts, es un órgano ejecutivo de la Federación, que aporta operatividad a la gestión y que se reúne dos veces al año.
  • Equipo Ejecutivo: está formado por la junta directiva de la Federación, que son las personas físicas que desarrollan las líneas de actuación de la misma.
  • Comisionados: son órganos representados por diferentes personas voluntarias de la Federación que proponen y gestionan contenido educativos y de las actividades regionales de cada sección o rama educativa. Existe un Comisionado por cada sección, que es elegido por el Equipo Ejecutivo como parte de la gestión cotidiana de la organización.
  • Foro Joven: es un órgano de debate, participación y análisis de todo lo que concierne a Scouts de Extremadura desde la perspectiva de las personas más jóvenes de la Federación. Está formado por los Representantes Escultas y Representantes Rovers, elegido de entre todos los Grupos Scouts.

Además, Scouts de Extremadura cuenta con una serie de Equipos de Trabajo divididos por temáticas y de los que forman parte todas las personas voluntarias de la organización que deseen participar. Así mismo, dentro del Equipo Joven, se incluyen participantes escultas y rovers.